Факультет восточных языков самый молодой, он был основан в 1998 году, но история изучения восточных языков в ИГЛУ насчитывает уже много лет.
Ещё в сентябре 1967 года по инициативе областного отделения общества "СССР-Япония" на базе ИГПИИЯ были открыты курсы японского языка. Заведующей курсами стала доцент Ульянова М.Я. Первыми преподавателями были Железняков К.А., Козлов А.И., Ли Сысянь. Первая группа насчитывала 13 человек, среди них известные ныне переводчики и преподаватели: Власов В.Ф., Пе Чун Дя, Елизарьев В.И. В1989 году при факультете английского языка (Бунаев С.С.) открывается отделение японского языка. В 1996 году открывается отделение корейского языка. В 1998 году отдел восточных языков преобразовывается в факультет, первым деканом стал кандидат исторических наук, доцент Рабинович В.Ю., в 2000 году деканом назначен кандидат филологических наук, доцент Калашников Э. В.. В 2001 году на этом посту его сменила кандидат филологических наук, доцент Ким Ен Ок.
Факультет восточных языков сотрудничает с иностранными вузами: Тояма, Васеда, префектурой Исикава (Япония),Цицикарским государственным университетом Ляонинским государственным педагогическим университетом, Цзилиньским провинциальным педагогическим училищем ин. Яз., Цзилиньским международным институтом внешней экономики и торговли, Даляньским институтом иностранных языков (Китай), университетом Чосон, институтом иностранных языков (Кен Бук), Университетом Усок (Чон Бук) организацией PASS (Корея). Благодаря этому на факультете работают носители языка, а студенты имеют возможность выезжать на языковые стажировки в страны изучаемого языка. Весной 2001 года ИГЛУ посетил премьер-министр Японии господин Иосиро Мори. Он выступил перед студентами отделения японского языка и передал в дар факультету большую библиотеку, состоящую из словарей, энциклопедий и художественной литературы.
С 2001 года в ИГЛУ проводится региональный конкурс японского языка с участием студентов Иркутска, Читы, Улан-Удэ. Конкурс проводился при поддержке Генерального консульства Японии в г. Хабаровске и Японского фонда.